La Subdirección General de Estudios y Doctrina de la Policía Nacional Civil inició sus funciones el 18 de julio de 2012, de acuerdo con el Acuerdo Gubernativo 153-2012, por medio del cual se establece como el ente rector de los órganos ejecutores de los programas de educación y sistema integral de enseñanza de la Policía Nacional Civil, cuya estructrua posibilita el buen funcionamiento y el cumplimiento de sus funciones.

Sin embargo, no contaban con la estructura que permitiera cumplir con los fines para los cuales fueron creadas, ya que previo a la existencia de la Subdirección General de Estudios y Doctrina existión por medio del Acuerdo Gubernativo 662-2005 de fecha 09 de diciembre de 2005, el cual en el artículo 4 numeral 7 establecía la Subdirección General Adjunta, la cual tenía como principal función, según el artículo 19, la de administrar y coordinar los centros docentes o de enseñanza, así como proponer la política de ordenación de estudios de la Policía Nacional Civil.

Como antecedente de lo que hoy se conoce como la Subdirección General de Estudios y Doctrina, se estableció la Subdirección General de Estudios, la cual inició sus funciones el 13 de enero del año 2006, organizándose primero el despacho del Subdirector General de Estudios, la Secretaría Técnica y la Unidad de Planificación y Administración Financiera. En julio de 2007 fue implementado el Departamento de Coordinación, Cooperación y Enlace; a mediados de enero del 2008, fueron creados e implementados los departamentos de Planificación Educativa y Desarrollo, y Supervisión Docente, completándose la estructura orgánica de la Subdirección General de Estudios.

A inicios del año 2012 se acordó liquidar la Subdirección de Estudios, suprimiendo sus unidades existentes y dedicándose exclusivamente a los procesos financieros propios de los centros educativos policiales. Para julioi de ese mismo año, se consolida por medio de la emisión del Acuerdo Gubernativo 153-2012, por medio del cual se crea la Subdirección General de Estudios y Doctrina de la Policía Nacional Civil como el ente rector de los órganos ejecutores de los programas de educación y sistema integral de enseñanza de la Policía Nacional Civil; estableciéndose la estructura que posibilitara el buen funcionamiento de la Subdirección y el cumplimiento de sus funciones, implementándose las siguientes unidades: Secretaría Técnica, Unidad de Planificación Administrativa y Financiera, Academia de Policía Nacional Civil (APNC), Escuela de Formación de Oficiales de Policía (ESFOP), Escuela de Estudios Superiores de Policía (ESPOL) y la Escuela de Especialidades de Policía (EPOL).